1부(2006년)

‘회사’에 소속된 요원 나(조)는 언제나처럼 제약회사 중역 김승수를 완벽하게 ‘처리’한다. 다음 날 나는 팀장 제이와의 만남에서 앞으로 바빠질 것이라는 암시를 듣는다. 제이가 준 메모리스틱에는 대통령의 최측근인 박문기 의원 살해에 관한 명령이 들어있었다. 도곡동의 주상복합 아파트에서 박문기 의원의 처리를 위해 잠입하지만 회사의 자료와 달리 부인과 개가 함께 있었다. 임무 수행 중 여자 친구 원으로부터 온 문자 메시지를 받고 당황한 나는 박 의원뿐만 아니라 부인과 개까지 모두 처리하지만 회사의 자료가 틀렸다는 사실에 의문을 품는다. 박 의원 살해의 비밀을 알고 있는 노인과 만난 나였지만 노인은 선문답만을 남긴 채 사라진다. 나는 조폭 권중호 일파를 처리하다 위기를 맞지만 제이의 도움으로 살아남는다. 하지만 나는 권중호의 부하 중 한 명이 갑자기 노랗게 녹아내리며 소멸하는 모습을 보고 기절한다. 한편, 나는 원에게 다른 남자가 생긴 것은 아닐까 하는 의심을 한다.

2부(2006년)
노인은 나에게 B4 계획을 귀띔하지만 자세한 것은 알려주지 않는다. 나는 B4 계획을 추적하고 있는 기자 진을 만나는데 괴한들의 공격으로 죽을 뻔한 위기를 넘긴다. 진은 B4가 생화학 폭탄임을 알린다. 나는 6년 전부터 친구 사이로 지내는 의사 유부녀 류와 만나는데 류는 남편이 정부의 프로젝트를 담당하고 있다고 말한다. 원은 조와 류의 사이를 질투한다. 한편, 내가 받은 새로운 지령은 류의 남편 백유석을 처리하는 것이었다.

3부(1999년 ~ 2001년)

무료한 대학 생활을 보내던 조는 2학년이 되어 학교 후배로 들어온 동갑내기 류와 처음으로 만난다. 조는 류를 사랑했지만 제대로 고백하지 못한다. 학교생활에 적응하지 못한 류는 휴학하고 사수할 것이라 알린다. 혼자서 쓸쓸히 군에 입대한 조는 훈련소 정문에서 우연히 제이와 만난다. 훈련소에서 교관 및 기간병 조교들과 친하게 지내며 생활하는 제이는 항상 조를 챙긴다. 강원도와 서울의 혹독한 후반기 훈련을 견뎌낸 조는 제이와 함께 서울에 호텔에 팀의 사무실을 두고 있는 ‘회사’에 소속된다. 무색무취한 팀장과 속물스런 정과 함께, 제이는 현장에 투입되어 ‘처리’를, 조는 사무실에서 데스크 워크를 담당하게 된다. 하지만 제이의 부상으로 인해 조가 현장에 투입되고 아이를 죽이라는 정의 명령을 거부한 조는 정에게 구타당한다. 제이는 자신의 아버지가 ‘회사’의 ‘아버지’임을 고백한다. 근 2년만에 류와 만난 조는 그녀가 결혼한다는 사실에 충격을 받는다. 망설이던 조는 류와 백유석의 결혼식에 몰래 참석한다.