1. (2006년)

‘회사’에 소속된 요원 나(조)는 언제나처럼 제약회사 중역 김승수를 완벽하게 ‘처리’한다. 다음 날 나는 팀장 제이와의 만남에서 앞으로 바빠질 것이라는 암시를 듣는다. 제이가 준 메모리스틱에는 대통령의 최측근인 박문기 의원 살해에 관한 명령이 들어있었다. 도곡동의 주상복합 아파트에서 박문기 의원 처리를 위해 잠입하지만 회사의 자료와 달리 부인과 개가 함께 있었다. 임무 수행 중 여자 친구 원으로부터 온 문자 메시지를 받고 당황한 나는 박 의원뿐만 아니라 부인과 개까지 모두 처리하지만 회사의 자료가 틀렸다는 사실에 의문을 품는다. 박 의원 살해의 비밀을 알고 있는 노인과 만난 나였지만 노인은 선문답만을 남긴 채 사라진다. 나는 조폭 권중호 일파를 처리하다 위기를 맞지만 제이의 도움으로 살아남는다. 하지만 나는 권중호의 부하 중 한 명이 갑자기 노랗게 녹아내리며 소멸하는 모습을 보고 기절한다. 한편, 나는 원에게 다른 남자가 생긴 것은 아닐까 하는 의심을 한다.

2. (2006년)

노인은 나에게 B4 계획을 귀띔하지만 자세한 것은 알려주지 않는다. 나는 B4 계획을 추적하고 있는 기자 진을 만나는데 괴한들의 공격으로 죽을 뻔한 위기를 넘긴다. 진은 B4가 생화학 폭탄임을 알린다. 나는 6년 전부터 친구 사이로 지내는 의사 유부녀 류와 만나는데 류는 남편이 정부의 프로젝트를 담당하고 있다고 말한다. 원은 조와 류의 사이를 질투한다. 한편, 조가 받은 새로운 지령은 류의 남편 백유석을 처리하는 것이었다.

3. (1999년 ~ 2001년)

무료한 대학 생활을 보내던 조는 2학년이 되어 학교 후배로 들어온 동갑내기 류와 처음으로 만난다. 조는 류를 사랑했지만 제대로 고백하지 못한다. 학교생활에 적응하지 못한 류는 휴학하고 사수할 것이라 알린다. 혼자서 쓸쓸히 군에 입대한 조는 훈련소 정문에서 우연히 제이와 만난다. 훈련소에서 교관 및 기간병 조교들과 친하게 지내며 생활하는 제이는 항상 조를 챙긴다. 강원도와 서울의 혹독한 후반기 훈련을 견뎌낸 조는 제이와 함께 서울에 호텔에 팀의 사무실을 두고 있는 ‘회사’에 소속된다. 무색무취한 팀장과 속물스런 정과 함께, 제이는 현장에 투입되어 ‘처리’를, 조는 사무실에서 데스크 워크를 담당하게 된다. 하지만 제이의 부상으로 인해 조가 현장에 투입되고 아이를 죽이라는 정의 명령을 거부한 조는 정에게 구타당한다. 제이는 자신의 아버지가 ‘회사’의 ‘아버지’임을 고백한다. 근 2년만에 류와 만난 조는 그녀가 결혼한다는 사실에 충격을 받는다. 망설이던 조는 류와 백유석의 결혼식에 몰래 참석한다.

4. (2006년)

류 일가의 죽음을 막기 위해 나는 노인에게 도움을 청한다. 노인은 백유석을 살려 오는 것을 조건으로 정보를 제공한다. 원과의 사이가 더 벌어지는 나는 충동적으로 진과 동침한다. 진은 김승수, 박문기, 권중호의 연속된 죽음이 하나로 연결된 사건이라고 말한다. 나는 류 일가의 죽음을 막으려 하지만 결국 실패하고 백유석과 류는 죽고 만다.

5. (2002년)

3학년으로 복학한 조는 회사의 정직원이 되어 데스크 워크를 계속 담당하고 있다. 학교에서 후배 원을 의식하기 시작한 조는 그녀의 모습을 훔쳐보며 혼자 사랑을 키우기 시작한다. 한편 조폭 한현철 일당을 처리하는 과정에서 조와 제이는 팀장에 대해 의문을 품게 된다. 조는 학교에서 원에게 접근하기 시작하고 가벼운 줄다리기 끝에 둘은 사귀게 된다.

6. (2006년)

류의 죽음을 막지 못한 것에 극심한 자괴감 느낀 나는 다른 남자가 생긴 것으로 보이는 원과의 관계를 정리할 것을 결심한다. 제이는 ‘아버지’가 나를 용서할 것이라고 말했지만 나는 제이의 말을 수용하지 않는다. B4 계획의 실체를 파악하기 위해 진을 만나지만 진은 나의 클론이 자신을 위협했다고 말한다. 나를 찾아온 노인은 나의 클론과 제이가 아는 사이임을 알려준다. 제이는 나에게 클론, B4 계획, 아버지의 실체에 대해 말할 것을 거부한다. 진은 나를 사랑한다고 고백하지만 나는 진의 마음을 받아들이지 않는다. 진은 잔혹하게 살해당하고 나 역시 거구의 사나이 유도에게 맞아 정신을 잃는다.

7. (2002년)

원과 달콤한 시간을 보내던 조는 류와 1년 5개월 만에 재회한다. 류는 남편 백유석과 딸에 관해 말한다. 제이는 조에게 전화해 아버지가 당했다고 알린다.

8. (2006년)

나는 진을 죽인 것이 유도가 아니라 자신의 클론임을 알아차린다. 회사는 나의 신원을 일부 언론에 공개해 진의 살인범으로 몰아간다. 나는 격투 끝에 유도를 처리한다.

9. (2002년)

제이는 클로닝 계획을 반대했던 아버지가 팀장 일파에 의해 처리되었다고 조에게 알린다. 조와 제이는 유도에게 무기를 받아 술자리를 벌이고 있는 팀장 일파를 처리한다. 하지만 제이는 부상을 입고 절름발이 신세가 된다. 제이의 수술을 집도한 백유석은 조에게 클로닝 계획의 부활을 진지하게 제안한다. 집으로 돌아온 조는, 원을 인질로 잡은 정과 조우한다. 정은 원을 쏘고 조는 정을 처리한다.

10. (2006년)

나는 원에게 새로 생긴 남자의 실체를 알기 위해 휴대전화의 통화내역을 조회한다. 클론에 대한 정보를 얻기 위해 노인을 만나러 가던 나는 클론과 조우, 클론을 말살한다. 그럼에도 불구하고 나의 찜찜함은 수그러들지 않는다. 노인이 준 사진을 보던 나는 클론의 넥타이가 원이 선물한 것임을 알게 된다. 원은 나 역시 클론이라는 충격적인 사실을 밝힌다. 나는 B4 계획의 진실과 아버지의 실체를 알기 위해 노인을 만나러 야구장으로 향하지만 이미 노인은 죽었고 ‘또 다른 나’와 만나게 된다. 그는 나를 ‘프로토’라고 부른다.

11. (2002년)

조는 제이의 반대에도 불구하고 B4 계획의 추진을 결심하고 박문기 의원에게 승인 받는다. 막대한 자금을 지원받아 플랜트를 완공하지만 연구비까지는 박 의원에게 의존할 수는 없는 상황이다. 백유석은 조에게 제약회사로부터의 지원을 얻어내겠다고 공언한다. 조는 학교를 그만뒀음을 류에게 알린다.

12. (2006년)

나는 그 동안 괴롭혀왔던 꿈의 실체를 알게 된다. 자신이 클론이었음을 인정할 수밖에 없게 된 나는 노인이 남긴 수수께끼를 풀어내고 B4  계획의 진실에 접근한다. 나의 집에 들어온 제이와의 대화에서 아버지가 바로 나의 오리지널(조)이며 나는 1년의 계획된 수명이 다 되어 일주일 뒤에 소멸할 것임을 알린다. 그리고 노인의 정체는 오리지널 조의 팀장이었던 것이다. 나와 제이의 대치 상황에서 조가 들어온다. 제이는 조를 쏘려했지만, 제이가 자신을 쏘는 것이라 생각한 나는 엉겁결에 제이를 쏜 후 조의 뒤를 추격해 집 밖으로 나온다. 순간 집이 폭파되고 제이는 잿더미 속으로 사라진다.

13. (2003년)

첫 번째 클론이 완성되었지만 연구비가 바닥나자 조는 한현철 사건을 빌미로 권중호에게 자금을 지원받는다. 조는 원과 무려 2년 5개월 만에 외식을 함께 하지만 원은 조에게 냉랭하게 대한다.